抗战胜利后，新四军三师三万七千人千里进军东北，占当时出关我军三分之一。三师7旅在林彪亲自指挥下进行了著名的秀水河子战斗，开东北我军初战胜利。1946年，原新四军三师的第八、十(即344旅)两个旅组建为东北民主联军第二纵队。第7旅编为第六纵队第16师(即今天的第54集团军第127机械化步兵师的前身)。刘震任二纵队司令员，吴法宪任政委，洪学智调任六纵队司令员。第二纵队在整个解放战争中表现出色，参加了“三下江南“，秋季，冬季，夏季攻势，在辽沈战役中参加锦州战役，第六师首先攻克外围重点义县，在锦州总攻中，二纵迅速突破城桓，在巷战中，二纵五师战士梁士英勇敢地用胸膛挡住敌军的暗堡火力点，保证部队顺利发起冲锋。战后锦州人民将烈士牺牲的街道改名为士英街。据第四野战军司令部1950年编写的《东北三年解放战争军事资料》记载，二纵队五师(即344旅)是东北解放军十二个纵队三十六个师中表现和成绩最突出的。以勇猛，机智，果断的战斗作风取得连续辉煌的胜利。该师师长钟伟号称中国的“巴顿”将军，是东北我军中唯一从师长直接晋升为军长(第49军，即今天的空5军)者。在天津战役中，二纵队四师率先攻破坚固的城防进入市区。1949年初，二纵队整编为第39军，刘震任军长，吴信泉任政委。尔后部队千里南进，横扫中南大地。胜利解放桂林、南宁等大中城市。在祖国解放战争中，第39军从松花江畔一直打到广西镇南关，为祖国解放立下了赫赫战功。
朝鲜战争爆发后，第39军随13兵团首批入朝参战。在第一次战役中，与美军骑一师在云山镇交手，美军骑一师是美军中战斗历史最为悠久的部队，是当年华盛顿创建美国的开国师，不可一世。39军以机智勇猛的战法，不仅重创其第八团，还将增援的第五团击溃，并击毙其团长，共歼敌两千多人，创中美现代陆军首次交锋的胜利，这是解放军陆军的光荣，是解放军全体将士的光荣，也是全体中国人的光荣。
在第二次战役中，第39军通过战场喊话，使美军一个黑人工兵连全连一百一十五人集体战场投降，从此美军改变了自独立以来的一贯传统，不敢再按肤色编队。第39军在第二次战役中解放了平壤，在第三次战役中又解放了汉城。在第四次战役中，第39军115师担任砥平里战斗的主攻，由于指挥战斗的邓华(当时任志愿军副司令兼东线集团指挥)，温玉成(当时任四十军军长，负责前线指挥)不够坚决，火力较弱，部队蒙受巨大的伤亡，撤出战斗时未及掩埋烈士遗体，直到八十年代中期，部分烈士残骸才经板门店运回祖国。第39军参加了整个五次战役和阵地防御作战，牺牲副军长以下大批烈士，胜利完成了作战任务，直到朝鲜停战前才撤回祖国。
自朝鲜回国后，第39军长期驻守辽东半岛，是我军布防在东北首屈一指的主力军团，担负警戒苏联、朝鲜半岛军事态势的战略力量。1985年，第39军改编为集团军，是全军重装的三个快速反应集团军（另两个为38军和54军）之一，属于全军的战略预备部队。
第39集团军属满编军，武器配备优良，下辖四个师，即115摩步师，116混成师，117机械化师和第？坦克师，以及装备“小羚羊”的陆军航空兵大队、特种兵大队、防空旅、工兵团、防化团等技术兵种，全军现有7万5千人